Mật danh 47 vốn là một sát thủ chuyên nghiệp, chuyên thực hiện các phi vụ bẩn; đồng thời là kết quả của cuộc thí nghiệm người nhân tạo được biến đổi gien sao cho sở hữu sức mạnh, tốc độ, sự dẻo dai và trí tuệ vượt trội so với người thường. Bởi là mẫu thành công duy nhất, 47 bị nhiều tập đoàn hắc ám và chính phủ săn đuổi.

Trong bộ phim mới, Mật danh 47 muốn tìm hiểu nguồn gốc thí nghiệm năm xưa. Anh có được sự giúp sức của Kartia (Hannah Ware), một Mật danh khác 47 nhưng hoàn toàn bị mất trí nhớ và không biết gì về khả năng của bản thân. Thay vì giết chết cô gái, 47 chọn cách đánh thức con người thực sự của Kartia, lôi cô vào chuyến phiêu lưu của mình.