Phim kể về một hòn đảo có tên là Altomare, ở đó có 2 vợ chồng già đang sinh sống. Một hôm họ tìm thấy hai đứa nhỏ bị thương nặng đang nằm trôi dạt trên bờ biển. Cặp vợ chồng bèn chăm sóc chúng, những đứa trẻ hồi phục nhanh chóng một cách thần kỳ.

Bỗng nhiên vào một ngày, hòn đảo đã bị quái vật tấn công. Cả hòn đảo nhanh chóng chìm vào cơn thịnh nộ của lũ quái vật. Trước tình thế nguy cấp, hai đứa trẻ đã biến thành Pokemon Eon với tên gọi là Latios và Latias. Chúng đã mang một hòn đá chứa đựng một thứ sức mạnh khổng lồ được gọi là Soul Dew. Nhờ hòn đá, lũ quái vật buộc phải rời khỏi hòn đảo và đã đem lại yên bình cho nơi đây.