Được đặt trong bối cảnh giai đoạn cuối của Chiến tranh thế giới 2 ở Nhật Bản, bộ phim kể lại câu chuyện chua xót nhưng cảm động về tình anh em của hai đứa trẻ mồ côi người anh trai tên là Seita và em gái của cậu là Setsuko. Hai anh em mất mẹ sau cuộc thả bom dữ dội của không quân Mỹ vào thành phố Kobe trong khi cha của hai đứa đang chiến đấu cho Hải quân Đế quốc Nhật Bản. Trong cả bộ là viễn cảnh Seita và Setsuko phải vật lộn để tồn tại giữa một bên là nạn đói và một bên là sự thờ ơ đến nhẫn tâm của những người xung quanh (trong đó có cả những người họ hàng của hai đứa trẻ và cụ thể chính là người dì ích kỷ, máu lạnh của 2 đứa trẻ, người luôn phàn nàn rằng họ không làm việc gì cả nhưng vẫn được chăm sóc chu đáo trong khi thực phẩm ngày càng khan hiếm). Sau khoảng thời gian 2 anh em sống trong sự mắng chửi, phân biệt đối xử, và bị gò bó tù túng và cậu bé Seita phải đối diện với một lựa chọn đó là hoặc ở lại với người dì ích kỷ, làm việc và đối diện với sự thật, hoặc là chạy trốn, để có được sự tự do mặc dù sẽ rất khó khăn, thiếu thốn nhưng 2 anh em cậu sẽ làm được những điều mình thích.
Cuối cùng, Seita và Setsuko quyết định rời khỏi nhà người dì, họ chuyển đến một căn hầm trú bom đã bị bỏ hoang. Sự thiếu thốn thức ăn đã buộc Seita phải ăn cắp đồ, thức ăn và bị đánh đập. Setsuko bị ốm nặng, Seita vội đưa cô bé đến bệnh viện và được bác sĩ thông báo rằng cô bé đang bị thiếu ăn. Trong sự lo lắng đến tột cùng, Seita đến ngân hàng rút toàn bộ số tiền còn lại trong tài khoản ngân hàng của mẹ cậu để mua thức ăn. Tuy nhiên, ngay khi rời ngân hàng, Seita rất sốc và tuyệt vọng khi nghe tin Nhật Bản đã đầu hàng vô điều kiện quân Đồng Minh, và người cha cũng đã tử nạn trên biển. Cậu trở về cùng với nhiều thức ăn, nhưng Setsuko đã chết. Seita hỏa táng thi hài của cô bé, bỏ vào hộp kẹo trái cây và mang nó cùng với bức ảnh của người cha, cho đến khi cậu cũng qua đời tại nhà ga Sannomiya.
Bộ phim kết thúc với cảnh Seita và Setsuko ngồi bên nhau vui vẻ với những con đom đóm xung quanh, và họ nhìn xuống thành phố Kobe đã phát triển và hiện đại sau chiến tranh.
