Phim lấy bối cảnh trong cùng một thế giới giả tưởng với bộ light novel Zero Kara Hajimeru Mahō no Sho của Kobashiri (Grimoire of Zero), hiện đang yên bình sau cuộc xung đột giữa nhà thờ và phù thủy trong 500 năm. Tuy nhiên, than hồng chiến tranh vẫn cháy ở một số khu vực trên thế giới. Câu chuyện xoay quanh Cervil, một sinh viên vô vọng tại Học viện Pháp thuật của Vương quốc Wenias. Cervil vì một lý do nào đó đã mất hết trí nhớ về quãng thời gian của mình trước khi theo học tại trường. Hiệu trưởng Albus của trường gửi anh ta đi đào tạo đặc biệt đến phần phía nam của lục địa, nơi cuộc đàn áp chống lại phù thủy diễn ra mạnh mẽ.