Kết thúc The Maze Runner, nhân vật chính Thomas cùng các thành viên tại Trảng Cỏ được giải thoát khỏi mê cung bởi một đội cứu hộ bí ẩn. Song, tại nơi trú ẩn mới, họ mau chóng phát hiện ra đây là một cơ sở của tổ chức WCKD. Chúng là những kẻ muốn biến Thomas và bạn cậu thành đối tượng thí nghiệm nhằm tìm ra phương thuốc chống lại hỏa khuẩn - thứ virus biến con người thành hỏa thi.

Vận dụng những khả năng chiến đấu khi còn ở trong mê cung, Thomas đưa mọi người thoát khỏi cạm bẫy mới. Giờ họ phải băng qua miền Đất Cháy, đến những rặng núi phía xa để tìm ra tổ chức Cánh Tay Phải - những người phản kháng chống lại WCKD suốt bấy lâu nay. Trong chuyến hành trình ấy, họ gặp gỡ hai nhân vật mới, những người đóng vai trò quan trọng trong câu chuyện sau này là Brenda và Jorge.