Được chuyển thể từ Manga và Anime nổi tiếng cùng tên, Giả Kim Thuật Sư lấy bối cảnh về một thế giới nơi thuật giả kim là một môn khoa học có ảnh hưởng tới mọi mặt của đời sống. Câu chuyện xoay quanh hai nhân vật chính là Edward và Alphonse Elric.

Trong nỗ lực để hồi sinh thể xác của người em trai Al đáng thương, Ed đã phạm vào điều cấm kị của giả kim thuật là biến đổi con người. Bản chất của giả kim là trao đổi đồng giá, và cái giá mà hai anh em phải trả là một cánh tay, một chân và cả cơ thể của Al. Họ bắt đầu lên đường tìm kiếm Hòn Đá Vạn Năng, thứ vật chất huyền thoại để hồi phục cơ thể, và trên con đường đó, họ dần khám phá ra những sự thật về chiến tranh, về con người và về một âm mưu kinh dị khác..